El Aeropuerto de Palma de Mallorca opera 24 horas al día, 7 días a la semana. Es el único aeropuerto de las Islas Baleares que es H24, lo que garantiza un servicio continuo y facilita la conectividad de los ciudadanos con otros destinos.

La configuración preferente es la Oeste, donde los despegues se realizan desde la cabecera 24R, y los aterrizajes por la 24L y 24R. 

La configuración no preferente es la Este, cuyos despegues se realizan desde las cabeceras 06L y 06R, y los aterrizajes por la 06L. 

Para Aena la reducción de los niveles acústicos aeronáuticos y la protección de la calidad de vida de las poblaciones del entorno aeroportuario se ha convertido en una de sus prioridades. Por ello, el Aeropuerto de Palma de Mallorca dispone de un procedimiento de atenuación de ruidos con medidas especiales para la operativa en horario nocturno.

El horario nocturno del aeropuerto está comprendido en diferentes periodos en función de la época del año: Verano: 21:00h – 05:00h, Invierno: 22:00h – 06:00h. Las medidas puestas en marcha por el aeropuerto para mitigar la afección acústica en horario nocturno son las siguientes:

• La cabecera 06R, salvo contingencia operacional, no podrá utilizarse para llegadas en horario nocturno.
• Las pruebas de la Unidad Auxiliar de Potencia (APU) podrán ser autorizadas por CEOPS fuera del horario nocturno siempre que no se perciba un exceso de ruido en plataforma.
• No se podrán realizar vuelos de entrenamiento en horario nocturno. Todas las operaciones de entrenamiento se deben realizar por la pista 24R/06L.

En los periodos de menor actividad en el aeropuerto, únicamente operan en horario nocturno aeronaves de emergencias y rescate, o aeronaves de carga con origen o destino península y Baleares.